深夜業務は、特定業務従事者健康診断の対象となります（労働安全衛生規則第45条第1項・労働安全衛生規則第13条第1項第2号）。
従って、当該業務への配置替えの際及び6月以内ごとに1回、定期に則第44条第1項各号に掲げる項目について医師による健康診断を行わなければなりません。
なお、ここでいう深夜業務とは、午後10時から午前5時までの間に勤務する業務（残業等含む）をいい、その時間数の長短を問わず、10分でも当該時間帯に勤務すれば該当します。
また、特定業務従事者の健康診断の対象は、いわゆる定期健康診断における「常時使用する労働者」の判断で用いる、同種の業務に従事する通常の労働者の4分の3以上という要件によることはなく、労働安全衛生規則第13条第1項第2号の業務に常時従事する労働者となっています。
「深夜業に常時従事する労働者」については、常態として深夜業を1週1回又は1か月に4回以上行うものとされています（昭和23年10月1日基発1456号）。
実務上は、5か月を超える契約期間の派遣スタッフやアルバイト等について、特に注意して管理する必要があります。
なお、「短時間労働者の雇用管理の改善等に関する法律の施行について」（平成5年12月1日基発第663号）には、特定業務従事者健康診断について努力義務（望ましい旨）の記載がありますが、深夜業務にかかる特定業務従事者健康診断については、昭和23年10月1日基発1456号に基づいて運用してください。
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